为实现全流域水环境质量改善和地区协调发展，条例规定要建立健全流域上下游生态保护补偿机制，对饮用水水源保护区和河流、湖泊、水库上游地区以及水环境质量达到或者优于国家和本省考核要求的地区，由上级政府统筹组织予以生态保护补偿的相关工作，并适时调整补偿标准。

在饮用水安全方面，条例规定城乡供水水质应当符合生活饮用水标准，饮用水供水单位应当对供水水质负责，确保供水设施安全可靠运行。政府应当组织有关部门监测、评估本行政区域内的饮用水水源、供水单位供水和用户水龙头出水的水质等饮用水安全状况。条例还对农村饮用水作了特别保护，规定应建立农村饮用水水源地巡查制度，对农村分散式饮用水水质实行定期监测。

在城镇污水处理方面，条例规定政府要统筹建设城镇污水集中处理设施和配套管网，提高城镇污水收集率和处理率，新建污水集中处理设施的配套管网应当同步设计、同步建设、同步投运。同时规定，生活污水不得排入雨水收集管网，从事餐饮、洗浴、洗涤、洗车等经营活动的单位和个人不得向雨水收集管网或者水体直接排放经营生产活动产生的污水。